Nació el 10 de noviembre de 1834, en la bonaerense Chacra Pueyrredón de su tía Victoria. Más tarde pasó a vivir en Barracas donde su abuelo, José Gregorio Hernández Plata, poseía una quinta. Cursó en el Liceo Argentino de San Telmo, pero debió dejar los estudios por razones de salud para trasladarse a Camarones y Laguna de los Padres donde su padre era mayordomo de las estancias del gobernador Rosas. Fue su primer contacto con los gauchos de quienes aprendió a andar a caballo y a conocer la vida rural. Actuó en defensa de la autonomía de Buenos Aires ante el sitio del general Hilario Lagos y desde 1852 combatió el centralismo porteño desde diversas tribunas periodísticas. Cuatro años después se afilió al Partido Federal Reformista para apoyar la incorporación de Buenos Aires a la Confederación y colaboró en el periódico La Reforma Pacífica. Ingresó al Club Socialista Argentino hacia 1860. Trabajó como empleado de comercio y en la Administración Nacional. El general Juan Esteban Pedernera, vicepresidente de la Confederación bajo la presidencia de Santiago Derqui, lo designó secretario personal. Su relación con el vicepresidente de la Confederación lo obligó al uso del seudónimo "Vincha", cuando publicó notas en el diario El Nacional Argentino. En uno de ellos escribió: “La incorporación política (de Buenos Aires) está efectuada por los Pactos del 11 de noviembre y 6 de junio; la reincorporación administrativa, gubernativa, va a realizarse muy pronto. Para la República se abre una nueva era; una época de paz, de progreso, de actividad mercantil, de desarrollo moral y material. Para la realización de estas vastas esperanzas, para el cumplimiento de las promesas con que nos halaga el presente, existe una condición esencial e indispensable: la estabilidad de las instituciones, el respeto y obediencia a la autoridad ejecutiva, que encargada de la dirección de los destinos del país, le conduce a la felicidad por el camino que le traza la ley”. Por entonces recorrió sucesivamente Corrientes, donde fue Ministro de Gobierno, Rosario y Montevideo. También vivió exiliado en Brasil después de la derrota de las tropas de Ricardo López Jordán (1871). Antes había participado en las batallas de Cepeda y Pavón a órdenes de Urquiza con quien rompió relaciones cuando el gobernador entrerriano ordenó que sus fuerzas se retiraran del campo de batalla en Pavón. Después de Cepeda fue el primer taquígrafo argentino al ser designado como tal en el Congreso Nacional con sede en Paraná. Allí también participó de una rebelión gaucha en defensa de la autonomía provincial y del Partido Federal contra el Presidente Domingo Faustino Sarmiento. Cuando volvió a Buenos Aires, en 1872, se escondió en el Gran Hotel Argentino, prácticamente frente a la Casa de Gobierno, por la proscripción que le había decretado Sarmiento. Hernández comenzó a escribir allí algunos poemas de amor y, en papel de estraza de una libreta de pulpería, redactó los siete cantos y medio de la primera edición de El Gaucho Martín Fierro. El 28 de noviembre de 1872, el diario La República inició la publicación del poema por entregas y en diciembre de ese año apareció Martín Fierro en forma de libro, editado por la imprenta La Pampa con una carta del autor dirigida al editor José Zoilo Miguens. La segunda parte, La vuelta de Martín Fierro, vio la luz siete años después en edición ilustrada por Carlos Clérice. Un año antes había instalado la Librería del Plata en sociedad con Rafael Casagemas, también colaboró en el proyecto para la expropiación de las tierras para la fundación de Necochea y fue uno de los colaboradores de Dardo Rocha en la erección de la ciudad de La Plata a la que bautizó de esa manera como derivación de uno de sus apellidos paternos junto a la idea de argentinidad. El día de la fundación oficial, Hernández hizo el asado de celebración. En 1880 fundó el Club de la Juventud Porteña con Hipólito Yrigoyen, para respaldar la candidatura presidencial de Julio Argentino Roca. Ese mismo año, como Senador de la provincia de Buenos Aires pronunció un recordado discurso en favor de la federalización de Buenos Aires que lo enfrentó a Leandro N. Alem. quien prefería el traslado de la Capital a otra ciudad. Por entonces las ideas de Hernández habían experimentado cambios intensos: apoyaba la inmigración europea, la extensión de la red ferroviaria y la unificación del Estado en los términos propuestos por los gobiernos posteriores a Rosas. En 1881 fue nuevamente electo senador provincial, y reelecto en 1885. La biografía literaria de Hernández encuentra sus mejores momentos en la poesía gauchesca, aunque abordó otros géneros. Publicó Rasgos biográficos del general Ángel Peñaloza (1863) en el que criticó a Sarmiento y La Instrucción del Estanciero (1881), donde analizó las posibilidades económicas del campo, con consejos para el hombre de estancia. Fue autor, además, del relato gauchesco Los treinta y tres orientales y de escritos recopilados bajo el título Prosas del autor del Martín Fierro (1834-1886) que fueron publicados como obra póstuma. Falleció el 21 de octubre de 1886 en su quinta de Belgrano, calle Santa Fe 468. Sus restos descansan en el Cementerio de la Recoleta, Buenos Aires. José Rafael Hernández y Pueyrredón fue iniciado masón en la Logia Asilo del Litoral N° 18 de Paraná el 28/8/1861, de la que fue Secretario. En la Logia Constante Unión N° 23 de la Ciudad de Corrientes, se desempeñó como orador y posteriormente fue su Venerable Maestro desde 1869 y durante un año. Estuvo afiliado a la Logia Obediencia a la ley N° 13 de la Ciudad de Buenos Aires, en la que participó hasta su fallecimiento. También ejerció durante un año el cargo de Primer Gran Vigilante de la Gran Logia de la Masonería Argentina.